Il faut repasser par le format PS (ce qui peut parfois provoquer des bugs graphiques, à vérifier) :

pdftops exemple.pdf

Puis refaire la conversion inverse en incluant les polices de caractères existantes :

ps2pdf14 -dPDFSETTINGS=/prepress -dEmbedAllFonts=true -dMaxSubsetPct=100 -dSubsetFonts=true exemple.ps